Лютеранская церковь свв. Петра и Павла была построена в 1793-1799 годах для шведского и немецкого приходов Выборга. Здание строилось по проекту архитекторов И. Брокмана и Ю. М. Фельтена. В 1839 году в соборе установлен орган.

В 1934 году для нужд общины было построено здание на нынешней Выборгской улице.

В советский период здание использовалось как склад и клуб моряков. В 1991 году здание возвращено лютеранской церкви.

В 2009 году у церкви открыт памятник Агриколе.